READMEテンプレート

# 使用方法
0枚目がPH, 1枚目が蛍光画像というようなマルチレイヤー構造のtifファイルをdata.tifという名前でmain.pyと同様のディレクトリに配置する。
以下を実行する。

```bash
python main.py
```
実行後はImageKが起動するため、細胞に対して任意のラベリングを行うことができる。
 
# 調節パラメーターについて
 
二値化のパラメータはmainの引数から変更可能。
```python
param1: int = 135
param2: int = 255
```

 
# 動作条件・必要モジュール

* Python 3.11*
* opencv-python
* tqdm
* numpy
* matplotlib
* scikit-learn
* scikit-image
* pydantic
* sqlalchemy
* scipy

# インストール方法
必要モジュールで列挙したライブラリなどのインストール方法
 
```bash
pip install モジュール名
```

# データベースへの接続
SQLalchemyを使用してデータベースへ接続する。
スキーマは以下の通り
 
```python
Base = declarative_base()

class Cell(Base):
    __tablename__ = 'cells'
    
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    cell_id = Column(String)
    label = Column(String)
    perimeter = Column(FLOAT)
    area = Column(FLOAT)
    m_long = Column(FLOAT)
    m_short = Column(FLOAT)
    center_x = Column(FLOAT)
    center_y = Column(FLOAT)
    area = Column(FLOAT)
    PCA_m = Column(FLOAT)
    PC1_G = Column(BLOB)
    img_ph = Column(BLOB) 
    img_fluo = Column(BLOB)
    contour = Column(BLOB)
```